Bạn điều khiển Joe Musashi, một shinobi huyền thoại, trong cuộc hành trình trả thù sau khi phát hiện làng của mình đã bị thiêu rụi và toàn bộ đồng bào bị biến thành đá bởi tổ chức quân sự độc ác ENE Corporation dưới sự lãnh đạo của Lord Rus
ENE Corp đang âm mưu thống trị toàn cầu, và Musashi trở thành niềm hy vọng duy nhất để ngăn chặn âm mưu này.